《X档案 第二季》延续第一季风格，继续围绕联邦调查局探员福克斯·穆德和达娜·斯嘉丽展开。穆德坚信超自然现象存在，执着于寻找妹妹被外星人绑架的真相；斯嘉丽则秉持科学理性态度，负责监督穆德的工作，却在调查中逐渐改变看法。本季案件丰富多样，有恐怖的外星生物入侵小镇，导致居民接连死亡，离奇现象让警方束手无策，穆德和斯嘉丽深入调查，在危险中探寻真相；也有神秘的人体自燃事件，受害者毫无征兆化为灰烬，他们抽丝剥茧，发现背后隐藏着不为人知的秘密组织。随着剧情推进，两人关系更加紧密，共同面对各种挑战，在解开一个个谜团的同时，也逐渐接近X档案背后的巨大阴谋。