《变种DNA2》故事发生在纽约市。昆虫学家苏珊曾制造出蟑螂变种生物以消灭肆虐的蟑螂，没想到多年后这些变种生物发生了新的变异且具有了强大的攻击性。此时，苏珊的助手彼得收到消息，纽约出现了一系列神秘死亡事件，疑似与变种生物有关。彼得决定和一群人深入纽约的地下隧道展开调查。在隧道里，他们遭遇了各种危险，变种生物神出鬼没，不断发起攻击，团队成员接连丧生。彼得凭借着对变种生物的了解，努力寻找应对之策。最终，他们能否成功消灭变种生物，拯救纽约市于危难之中，成为了故事的最大悬念。