《非常小特工之时间大盗》中，天才特工兄妹卡门和朱尼迎来新挑战。邪恶的时间大盗从不同历史时期偷走关键物品，导致时间线错乱，世界陷入危机。兄妹俩临危受命，穿梭于古埃及、中世纪欧洲等各个时代追回宝物。在古埃及，他们要躲避法老诅咒和致命机关，与守护宝物的神秘生物斗智斗勇；在中世纪欧洲，又得应对骑士的阻拦和城堡中的重重陷阱。旅途中，他们结识了不同时代的伙伴，也遭遇了时间大盗的各种阴谋诡计。最终，凭借智慧和勇气，卡门和朱尼成功阻止时间大盗，修复时间线，拯救了世界。