《奇爱博士》故事发生在冷战时期，美国空军将领杰克·瑞朋精神错乱，他怀疑苏联通过“氟化物”污染美国的水资源，以此来削弱美国男性的生殖能力。于是，他秘密下令所属空军中队携带核弹前往苏联，对其进行核打击。总统得知此事后，立即召集战略空军司令部指挥官、苏联大使等相关人员到作战室商议对策。在作战室里，各方人员争论不休，苏联大使带来了苏联秘密研制的“末日机器”的消息，一旦苏联本土遭受核打击，这台机器就会自动启动，释放出巨大能量，毁灭全人类。最终，核弹还是落在了苏联，“末日机器”启动，世界走向毁灭。影片以黑色幽默的方式探讨了核战争的恐怖与荒谬。