在东京湾，巨大不明生物现身，它就是新哥斯拉。日本政府迅速成立对策本部，由国土交通省官员田口、内阁官房情报官柴崎等组成。起初，人们对新哥斯拉的认知不足，应对手段有限，导致它在城市中大肆破坏，东京陷入混乱。随着对新哥斯拉研究的深入，发现它能不断进化，适应各种攻击。军方尝试多种武器都难以将其制服。在危机时刻，各方专家和政府官员齐心协力，制定出利用低温武器的计划。最终，在众人的努力下，新哥斯拉被成功冰封，城市危机暂时解除。这场与新哥斯拉的战斗，展现了人类在面对未知强大生物时的团结与智慧。