《孤岛惊魂2》的故事发生在一座非洲的神秘孤岛上，这里被军阀和雇佣兵搅得乌烟瘴气。玩家扮演一名受雇的雇佣兵，被派往这座岛上执行一项危险任务——刺杀臭名昭著的军火商。岛上环境复杂，有茂密的丛林、干旱的沙漠和危险的沼泽。玩家在执行任务过程中，不仅要应对恶劣的自然环境，还要时刻提防敌对势力的攻击。游戏中存在多个势力，他们之间相互争斗，玩家可以选择与不同势力合作或对抗。随着任务推进，玩家会逐渐揭开岛上隐藏的秘密，在一次次激烈战斗和艰难抉择中，完成自己的使命。