《宇宙战舰大和号》的故事发生在 2199 年，地球遭到神秘外星势力加米拉斯的攻击，被扔下了带有放射性的盖米拉斯炸弹，地球环境变得恶劣，人类面临灭绝危机。这时，地球收到了来自 14 万 8 千光年外伊斯坎达尔星的讯息，那里有能拯救地球的治疗光线装置。为了获取这一装置，地球将一艘老旧潜水艇改造成宇宙战舰“大和号”，并任命古代进为舰长。古代进带领着森雪、星野铁郎等一众船员驾驶着大和号，踏上了充满艰难险阻的宇宙征程。在航行过程中，他们遭遇了加米拉斯舰队的重重阻击，经历了无数次激烈战斗。船员们凭借着坚定的信念和顽强的意志，一次次化险为夷。最终，大和号成功抵达伊斯坎达尔星，取得治疗光线装置拯救了地球。