《攻壳机动队 新剧场版》的故事设定在近未来，人类的义体技术高度发达，许多人选择用义体来替换身体的部分甚至全部。草薙素子是公安九课的队长，她拥有几乎完全义体化的身体，拥有强大的战斗力和敏锐的洞察力。此时，网络中出现了一个神秘的黑客“傀儡师”，他能侵入他人的电子脑，操纵人类如同傀儡。公安九课负责调查这一案件，草薙素子在追查过程中，逐渐发现“傀儡师”背后隐藏着惊人的秘密，甚至与自身的存在意义产生了关联。她开始思考人类的灵魂与义体之间的关系，以及自我意识的本质。在与“傀儡师”的最终对决中，草薙素子做出了影响深远的抉择，影片也以独特的视角探讨了科技发展下人类的未来走向和精神层面的问题。