《明日方舟：黎明前奏日语》围绕着罗德岛医药公司展开。故事中，感染者群体因矿石病遭受着歧视与苦难，罗德岛致力于为他们提供帮助与治疗。主角阿米娅身为罗德岛的领袖，带领着一群性格各异、身怀绝技的干员们踏上冒险之旅。他们在切尔诺伯格遭遇了巨大危机，这座城市被整合运动控制，整合运动在塔露拉的带领下与罗德岛产生了激烈冲突。在战斗过程中，干员们各展所长，比如能熟练使用法术的术士干员，近战能力强悍的先锋干员等。他们一边对抗整合运动，一边救助感染者，在这个过程中也逐渐揭开了矿石病背后隐藏的阴谋与真相，同时也面临着友情、信念与责任的多重考验。