《无限斯特拉托斯2：世界清洗篇》延续前作剧情，故事围绕着能驾驶特殊战斗装甲IS的少年织斑一夏展开。在这一季中，世界局势愈发紧张，新的危机不断涌现。一夏所在的IS学园也不再平静，各种势力蠢蠢欲动。女主角们如凰铃音、塞西莉亚等，各自有着独特的性格和背景，她们与一夏一同面对挑战。期间，学园遭遇了神秘组织的袭击，IS机体被恶意操控，引发了一系列混乱。一夏和伙伴们必须团结起来，找出幕后黑手，阻止他们利用IS进行“世界清洗”的阴谋。在战斗过程中，他们不断成长，彼此间的羁绊也更加深厚，共同为守护世界和平而战。