《祈祷落幕时》围绕着加贺恭一郎展开，他是警视厅搜查一科的刑警。在调查一起廉价公寓女性死亡案件时，加贺发现诸多线索指向自己失踪多年的母亲。死者押谷道子是为了见老友浅居博美而来到东京，却意外死亡。随着调查深入，加贺结识了浅居博美，她是知名舞台剧导演。原来，浅居博美年少时与父亲为躲避债务和父亲上司的侵犯而逃亡，途中父亲为了让博美有新生活，顶替他人身份生活，博美则在演艺界打拼。但父亲身份面临暴露，为了不连累女儿，他选择自焚，博美为让父亲解脱亲手捂死了他。影片在亲情与法律的冲突中，展现出人性的复杂与无奈，加贺也在案件侦破中与母亲的过去和解。