《窗边的小豆豆》以小豆豆的视角展开故事。小豆豆因淘气被原来的学校退学后，来到了巴学园。巴学园的教室是电车，这让小豆豆感到新奇不已。校长先生用独特的方式接待小豆豆，耐心听她讲了四个小时的话，这让小豆豆一下子就喜欢上了这里。在巴学园里，课程安排十分自由，孩子们可以先从自己喜欢的科目开始学起。小豆豆在这里结识了许多好朋友，比如善良的泰明、坚强的高桥君。他们一起参与各种活动，像野炊、运动会等。运动会上，身体有缺陷的高桥君在特别设计的项目中拿到了好几个冠军。然而，战争的阴影逐渐笼罩，巴学园最终在战火中被烧毁，但这段美好的时光永远留在了小豆豆的心中。