《第501统合战斗航空团 强袭魔女 ROAD to BERLIN》的故事围绕着第501统合战斗航空团展开，这是一支由来自不同国家的少女们组成的特殊部队，她们拥有能让双腿化作机械羽翼飞行战斗的能力，被称为“魔女”。在与神秘敌人“Neuroi”的战斗中，魔女们肩负着守护人类的重任。 故事中，少女们一边要应对强大的Neuroi，一边在相处中建立起深厚的情谊。随着剧情推进，她们接到前往柏林的任务，在“ROAD to BERLIN”的征程上，面临着更加严峻的挑战。途中会遭遇各种艰难险阻和强大的敌人，但魔女们凭借着坚韧的意志和出色的战斗能力一次次化险为夷。她们在战斗中不断成长，也逐渐揭开了Neuroi背后隐藏的秘密。