《异种2》故事紧接着第一部展开。政府特工丹奉命调查一系列离奇命案，发现凶手是一个具有超能力的女性怪物西尔。西尔是外星基因与人类基因结合的产物，拥有强大的力量和敏锐的感知。丹与女科学家艾芙琳合作，试图抓住西尔。艾芙琳曾参与过第一部中异种的研究，深知其危险性。在追捕过程中，西尔不断展现出她的狡猾和残忍，她利用自己的能力迷惑人类，制造混乱。同时，她也在寻找同类，想要繁衍后代。丹和艾芙琳逐渐掌握了西尔的弱点，最终在一场激烈的对决中，成功将西尔消灭，避免了一场更大的灾难。