《重启咲良田》的故事发生在拥有超能力者的咲良田。相麻堇拥有“记忆保持”能力，她预见了自己的死亡，于是拜托拥有“重启”能力的浅井惠和能读取他人思考的春埼美空，在她死后重启世界，让她能以另一种方式继续存在。浅井惠和春埼美空为了完成相麻堇的心愿，不断在重启的世界中寻找最佳方案。 在这个过程中，他们遭遇了各种挑战和阻碍。学园都市的管理机构对超能力者有着严格的管控，他们的行动被时刻监视。同时，其他超能力者也有着各自的目的和想法，有的试图阻止他们，有的则选择帮助他们。随着故事的推进，浅井惠和春埼美空逐渐发现了咲良田背后隐藏的巨大秘密，而他们的每一次重启，都可能改变整个世界的走向。