《重庆谍战》以抗日战争时期为背景，讲述了中共地下党员秦骜的故事。秦骜被国民党军统特务头子陆涯设计陷害，诬陷他是日本间谍“独狼”。为了洗清冤屈，同时也为了完成党组织交代的任务，秦骜在危机四伏的重庆展开了艰难的斗争。他周旋于国民党军统、日本特务之间，凭借着自己的智慧和勇气一次次化险为夷。在这个过程中，他结识了爱国女记者夏天，两人携手共同对抗敌人。随着剧情发展，秦骜逐渐揭开了“独狼”的真实身份，也成功阻止了敌人的阴谋，为抗战胜利做出了重要贡献。