《元气少女缘结神第一季》围绕女主角桃园奈奈生展开。奈奈生是个普通女高中生，父亲欠债跑路，她被赶出家门。一次偶然机会，她救了土地神御影，御影为表感谢，将神社交给奈奈生打理，让她成为新土地神。奈奈生在神社结识了狐妖巴卫，巴卫起初对奈奈生充满不屑，但在相处中态度逐渐转变。期间，奈奈生遇到各种妖怪和神明，经历诸多奇妙事件。比如她要应对妖怪的挑衅，帮助神明解决难题。在这个过程中，奈奈生不断成长，与巴卫的感情也日益深厚，两人携手守护着神社，共同面对各种挑战。