《星球大战：异等小队第二季》延续第一季剧情，围绕克隆人特战小组“异等小队”展开。他们拥有独特基因变异，能力远超普通克隆人士兵。本季中，银河帝国势力不断扩张，对异等小队的追捕愈发紧迫。小队成员包括技术高超的猎人、神枪手欧米茄、机械专家技术员等，他们在躲避帝国追捕的同时，还要完成各种危险任务。在一次任务中，他们要深入帝国重兵把守的基地窃取重要情报，过程中遭遇重重危机，与帝国军队激烈交火。随着剧情推进，小队内部也出现分歧，有人想与帝国对抗到底，有人则渴望安稳生活。但面对共同敌人，他们最终团结一心，继续在星际间为自由而战。