《噬魂师》的故事发生在死神武器职人专门学校，这是一所培养能够成为死神武器的职人以及武器的学校。主角玛嘉是一名武器职人，她的武器搭档是镰鼬形态的噬魂。他们的目标是收集 99 个邪恶人类的灵魂和 1 个魔女的灵魂，这样噬魂就能进化为死神专用武器。在校园生活中，他们结识了许多伙伴，比如布莱克星和他的武器搭档椿，还有修泰因和他的武器搭档莉兹与帕蒂。然而，他们也面临着诸多挑战，邪恶组织“鬼神之卵”妄图复活鬼神阿修罗，给世界带来灾难。玛嘉等人在不断战斗和成长的过程中，逐渐揭开了隐藏在背后的巨大阴谋，他们凭借着坚定的信念和强大的实力，一次次化险为夷，为守护世界和平而努力拼搏。