《深夜食堂：东京故事》围绕着一家只在深夜营业的小餐馆展开。老板沉默寡言却厨艺精湛，他的食堂里有各种特色美食，像是红香肠鸡蛋卷、茶泡饭等。在这里，食客们带着各自的故事而来。有失去爱人的中年男子，每晚都会来吃一份熟悉的料理，回忆曾经的温暖；有怀揣音乐梦想的年轻人，在遭遇挫折后到食堂借酒消愁，与老板分享自己的迷茫。还有一群上班族，下班后相约食堂，吐槽工作中的烦恼。食堂就像一个温暖的避风港，见证着东京夜晚里人们的喜怒哀乐，通过一道道美食，治愈着每一个孤独的灵魂，展现出生活的酸甜苦辣和人与人之间的温情。