《良医第三季》延续前作，主角肖恩·墨菲依旧凭借独特思维和高超医术在圣何塞圣文德医院发光发热。本季开篇，医院面临被收购危机，医生们不仅要应对患者复杂病情，还要为医院未来担忧。肖恩在工作中不断成长，他与同事的关系也更加复杂。他和莉亚的感情有了新进展，但工作与感情的平衡成了难题。在一次心脏移植手术中，供体出现意外状况，肖恩凭借敏锐洞察力和专业知识，力排众议改变手术方案，成功挽救患者生命。同时，医院新来了一位强势医生，与肖恩在治疗理念上产生诸多分歧，两人多次针锋相对。此外，医院还遭遇了公共卫生事件，医生们齐心协力应对挑战，在这个过程中，肖恩也更加深刻地理解了医生的职责和使命。