《健康全裸系游泳部》围绕着岩仓高校游泳部展开。故事中，原本面临废部危机的游泳部，在转校生橘真琴的加入后有了新的转机。真琴热爱游泳，他的到来让游泳部重新燃起了活力。一同在游泳部的还有松冈凛、七濑遥、叶月渚等人。他们性格各异，凛热情且有冲劲，遥沉稳专注，渚活泼开朗。在训练和比赛的过程中，他们不仅要面对来自其他学校游泳队伍的强大竞争压力，还要克服自身的心理障碍和团队内部的矛盾。但他们始终坚持全裸训练的独特传统，在一次次的挑战中不断成长，彼此之间的友谊也愈发深厚，共同为了游泳部的荣誉而拼搏。