《蜂蜜与四叶草第二季》延续第一季的青春故事，聚焦竹本、真山、森田三位美术大学学生与花本老师、女生阿久的情感纠葛。竹本依旧默默喜欢着阿久，在生活的点滴中不断成长，努力追寻自己的方向。真山虽然和理花分手，但心中仍有牵挂，同时也在新的感情中徘徊。森田依旧玩世不恭却又才华横溢，他的行为常常出人意料。阿久在艺术之路上不断探索，她的纯真和对绘画的热爱感染着身边的人。第二季中，他们面临着毕业、就业等现实问题，友情和爱情也在种种考验中变得更加深刻，展现出青春的迷茫、奋斗与美好。