《鳄鱼与牙签鸟》围绕留学法国的一群中国年轻人展开。李南恩是怀揣建筑梦想的女孩，在法国遇到了生物学高材生周尔文。周尔文像“鳄鱼”般骄傲又自我，而李南恩恰似“牙签鸟”，勇敢又善良。他们在同一所大学，因不同的专业背景和性格产生诸多碰撞。李南恩加入了周尔文所在的“生态建筑研究社”，在社团里，大家为了共同的研究课题和梦想努力着。过程中，他们不仅要面对学业上的难题、科研的瓶颈，还要处理复杂的人际关系和情感问题。李南恩和周尔文在相互扶持中渐生情愫，同时，其他成员也各自有着成长与收获，最终他们都在追求梦想的道路上实现了自我价值。