在《忍者神龟2》中，纽约再次陷入危机。大反派史莱德在被打败后死灰复燃，他与两个邪恶外星人巴克斯特·斯多克曼和克朗勾结，妄图统治世界。斯多克曼研发出变异药剂，让普通生物变成危险的怪物。忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗，在老师斯普林特的指导下，继续守护城市。他们不仅要对抗史莱德及其手下，还要面对变异后的牛头人、猪面人等强大敌人。同时，神龟们结识了记者艾普尔·奥尼尔和她的摄像师朋友 Vern Fenwick，在他们的帮助下获取情报。最终，神龟们凭借勇气、智慧和团队协作，成功阻止了反派的阴谋，再次拯救了纽约。