《余生那些年》以高林茉莉和藤井陆的爱情故事为主线。茉莉被诊断出患有罕见病，生命进入倒计时。在医院里，她邂逅了藤井陆。两人从最初的相遇，到逐渐相知、相爱。陆陪伴着茉莉度过了许多美好的时光，他们一起看海、一起做着平凡又浪漫的事。然而，茉莉的病情不断恶化，她开始经历身体上的痛苦和对未来的绝望。但即便如此，她和陆依然珍惜着在一起的每一刻。陆始终不离不弃，给予茉莉温暖与力量。最终，茉莉还是离开了人世，但他们之间纯粹而深刻的爱情，成为了彼此余生中最珍贵的回忆。