春日部防卫队成员们在公园玩时光机游戏时，突然被一股神秘力量卷入了战国时代。小新一家也跟着来到了这个时代，他们遇到了武士风间、忍者正男和海盗阿呆。在这个战火纷飞的战国世界，小新依旧不改搞怪本色，闹出了不少笑话。他们得知邪恶的魔王企图征服天下，而拯救世界的关键线索就藏在一本神秘的卷轴里。于是，小新一行人踏上寻找卷轴的冒险之旅。旅途中，他们遭遇了各种危险和挑战，也结识了许多有趣的人物。最终，小新和伙伴们凭借勇气和智慧，成功打败魔王，拯救了战国时代，也顺利回到了现代。