《学园孤岛》表面上是一部描绘校园日常的作品，实则暗藏惊悚元素。故事围绕着由丈枪由纪、惠飞须泽胡桃、若狭悠里和直树美纪组成的学园生活部展开。她们每日在学园里进行各种有趣活动，如打理菜园、举办茶会等。然而，这美好的学园生活背后却是残酷的丧尸末世。由纪患有解离性失忆，一直以为学园生活正常。直到有一次，胡桃带她来到学校大门，她才看到外面丧尸横行的景象。悠里和直树则承担着保护大家、外出寻找物资的重任。在一次次与丧尸的惊险遭遇中，她们努力在这末世学园里生存下去，故事在日常与惊悚之间切换，展现出别样的魅力。