《黑暗扫描仪》故事设定在近未来的反乌托邦社会，毒品“Substance D”泛滥成灾。主角鲍勃·阿彻表面是普通人，实则是警方卧底，负责监视吸毒者。他戴着特殊的“扫描器”伪装，以隐藏身份。在监视过程中，他结识了吸毒者弗莱德和唐。随着调查深入，鲍勃发现自己的精神逐渐分裂，他的大脑因长期接触“Substance D”产生了副作用，出现了两个相互独立的人格。他开始分不清现实与幻觉，甚至怀疑自己的任务和身份。影片通过独特的动画风格，展现了鲍勃在黑暗世界中的挣扎，探讨了身份认同、毒品危害以及人性在困境中的迷失。