《萤火之森》围绕少女竹川萤与少年银展开一段奇幻又悲伤的故事。竹川萤在六岁那年迷失在被妖怪守护的山林里，遇到了戴着面具的少年银。银告诉萤，自己一旦被人类触碰就会消失。此后每年夏天，萤都会来到这片山林与银相聚，两人一起玩耍、聊天，感情逐渐升温。随着时间推移，萤从天真烂漫的孩童成长为青春少女，她与银之间的情感也悄然发生着变化，有了懵懂的爱意。然而，在一次妖怪祭典上，一个意外打破了禁忌，银因救一个小孩被其触碰，他开始慢慢消失。即便如此，银还是鼓起勇气拥抱了萤，最终化作点点荧光消散在山林中，只留下萤在原地悲痛哭泣。