《假面骑士Amazons第二季》延续前作世界观，故事发生在“Amazon计划”引发灾难后的世界。青年水泽悠曾是Amazon化的实验体，他与伙伴们努力在这个充满Amazon的危险世界求生。新的敌人不断涌现，其中包括被称为“Amazon猎人”的组织，他们手段残忍，为达目的不择手段。水泽悠在战斗中逐渐成长，他不仅要对抗强大的Amazon，还要面对组织的追杀。剧中，他结识了同样拥有特殊能力的鹰山仁，两人从最初的对立，到后来携手作战。在一次次的战斗中，他们逐渐揭开了“Amazon计划”背后更深层次的阴谋，而这个阴谋关乎着人类与Amazon的未来命运。