《七人魔法使 剧场版 悠久图书馆与炼金术少女》的故事围绕着如月昂等人展开。如月昂是一位普通少年，却意外卷入了魔法世界的纷争。在这个世界里，存在着七名强大的魔法使，他们守护着世界的平衡。此次，如月昂和伙伴们来到了一座神秘的悠久图书馆。图书馆中隐藏着古老的炼金术秘密，而一位炼金术少女也出现在他们面前。少女身上似乎有着不为人知的身世和使命。随着探索的深入，他们遭遇了各种危险和挑战，神秘的敌人不断出现，试图阻止他们揭开图书馆的真相。如月昂和伙伴们凭借着各自的魔法能力和坚定的信念，一次次化解危机，在这个过程中，他们也逐渐揭开了炼金术少女背后的惊人秘密，以及图书馆与整个魔法世界的深层联系。